自我參照過程訓練是為了培養「自我觀察（self-observation）能力」，這也是薩提（覺知）冥想的核心。薩提冥想是覺察當下的經驗，但卻不加以好或壞的價值判斷，重要的是照單全收，卻不帶特定意圖做出反應。想做到這一點，就需要有足夠客觀的能力來描述發生在自己內心中的各種想法或情緒。這裡的「客觀」是指能夠將自己的內在經驗編輯成「足以向他人描述的故事」。意識的本質就如同狄漢所說的那樣，是一個敘事主體，在綜合和理解各種經驗之後，將其編輯成「足以向他人表達」（something reportable to others）的故事。而覺察意識的這個敘事功能，就是自我參照過程訓練的重點。
「客觀」是不僅從自己的角度，還要從他人的角度來看待自己的經驗。因此，薩提冥想與腦科學所說的心智理論（Theory of Mind）也有很密切的關係。按照席格的說法，薩提冥想使我們能夠區分觀察迴路和經驗迴路，並且為我們提供了連結這兩者的視角。
因為薩提冥想所認知的對象是發生在自己內心的體驗，所以在引發強大自我參照過程的同時，也啟動了心智理論。正如我們之前所理解的，自我參照過程和心智理論都與以mPFC為中心的前額葉皮質的神經網路活化有密切的關係。這也說明了薩提冥想是提升心理肌力的有效訓練方法。
「在當下回顧自己」的自我參照過程是內在溝通訓練的一種型態，具體方法是將注意力集中在當下發生在自己身上的事情和透過感覺器官傳入的各種感覺訊息。像這樣保持一步之遙觀望自己經驗的實體，就是自我意識，也就是背景自我。當我確實感受到這個背景自我的存在，且背景自我和作為自我意識的「我」合而為一的那一瞬間，我就會變得自在平靜，並且能夠在當下保持清醒。此刻，杏仁核安靜穩定下來，mPFC快樂地活躍著。這種狀態持續的時間愈長，心理肌力就愈強。
為了我能在始終清醒的狀態下不斷看清自己、為了我能更仔細認識自己、為了我能持續觀望自己、為了背景自我要時時注視著經驗自我和記憶自我，所以必須活化以mPFC為中心的神經網路、所以必須將恐懼、擔憂、憤怒、憎惡等負面情緒都平息下來。唯有如此，我們的心才不會奔向未來或過去，只集中在當下自己的內在。唯有如此，恐懼感或焦慮感才會消失。不懼失敗的狀態，就代表一種心理韌性，也是心理肌力最強大的狀態，這是沒有任何牽掛的自由狀態。
因為心理肌力完全崩潰而罹患憂鬱症或焦慮症的患者都有一個共同的特徵，那就是他們會不斷對自己進行負面的內在溝通，習慣性過度譴責自己，批判和憎恨自己。當一個人在回顧自己時會感覺愉快或滿足，這種人就稱得上是心理肌力強大的人。當一個人想到周圍的人時會感到愉快或感激時，這種人也是心理肌力強大的人。
飽受焦慮症或憂鬱症等精神疾病之苦的人無一例外都具有共同的特徵，就是習慣性和強迫性的負面內在溝通。以前額葉皮質為中心的神經網路負責處理有關自己及他人的訊息，當內容是正面時，人就會感覺到快樂和正面情緒。而且，只有前額皮質活躍起來，才能發揮各種心理肌力，也得以提升認知能力。
廣泛應用在精神疾病治療上的認知療法，可以說是將內在溝通習慣和由此產生的行為習慣，從負面轉向正面的訓練。認知療法的核心在於幫助患者站在客觀的立場看清自己處於特定情況時會不自覺採取的內在溝通方式（對情況賦予負面意義、過度批判自己、誘發習慣性的憤怒和焦慮等），讓患者養成即使再遇到相同情況也能採取正向內在溝通的習慣。
許多研究結果證實，認知療法具有不亞於藥物治療的效果。改變內心中習慣性的內在溝通方式，就等於改變大腦的功能，這就是內在溝通訓練的力量。自我（self）本身是敘事累積而成的情節記憶團塊，因此如果把故事敘述的方式從負面改變成正面，大腦的運作方式也會隨之發生變化，進一步還能改變大腦的功能性連結，甚至連生物結構也會發生變化。例如，研究發現慢性疲勞患者的大腦灰質（神經細胞聚集的部位）體積不斷在縮小（附帶說明，慢性疲勞是一種經常伴隨著憂鬱症的身體症狀），當醫師對這些患者實施認知治療時，患者大腦的前額葉皮質體積增加，各種認知能力和解決問題能力也得到了改善。
根據一項針對認知療法和藥物治療的效果進行深入比較分析的研究結果顯示，認知療法和藥物治療對憂鬱症都具有不相上下的治療效果。差別只在於，藥物治療是藉由直接穩定杏仁核來強化前額葉皮質的功能，而認知療法則是透過強化前額葉皮質，尤其是OFC（眼窩額葉皮質）和dlPFC（背外側前額葉皮質）的功能，來穩定杏仁核。而且認知療法中比較少見在藥物治療時常見的復發隱憂。
自從美國精神科醫生亞倫．貝克（Aaron Beck）進行研究以來，傳統的認知療法重點如下。第一，找出伴隨傷心事件發生時的負面想法或影像。這時，這種負面的「想法或影像」就是我習慣對自己進行的負面內在溝通的內容。第二，保持一步之遙，客觀審視自己內心中會「自動」喚起這種負面想法或影像的信念體系，也就是我視為理所當然的前提或信念、成見等。第三，對這種信念提出質疑。是不是真的只有這種「信念」或「解釋方式」？是不是還可以用其他的方式來解釋？像這樣尋找「其他解釋方式」的嘗試，就是認知療法的核心重點。所謂的「其他解釋方式」，就是我從新的視角來向自己敘述發生在我身上的事情。也就是說，認知療法的核心重點就是建立新的內在溝通習慣。第四，找出在其他情況下也會反覆出現的負面想法和影像，一起採用新的解釋方式。
為了達到認知療法的效果，患者必須有能力審視自己的內在溝通方式。認知療法的關鍵，是幫助患者找出自己習慣性重複哪些負面想法或強迫性思考。這個療程中絕對需要具備自我參照過程的能力，而認知療法就包含了基於冥想的自我參照過程訓練的元素，所以非常有效。在冥想的基礎上持續進行的認知療法，不僅能改善大腦功能，還可以帶來結構上的變化。
前面已經說明了心理肌力主要是以mPFC（內側前額葉皮質）為中心的神經網路為基礎，腦科學家也認為以mPFC為中心的神經網路具有與精神健康相關的九大功能。這九大功能就是對身體的控制、溝通能力、情緒調節、焦慮調節、反應靈活性、洞察力、共鳴能力、道德感、直覺等，這些都是與心理肌力密切相關的功能。大腦的這九種功能都可以透過薩提冥想訓練來加強，而自覺能力、自我調節能力、超越利己主義去思考和尊重他人的能力，也都是和以前額葉皮質為中心的神經網路有密切的關係，這些能力也可以透過薩提冥想來加強。創意是自我激勵的基礎，實現創意要靠預設模式網路，而活化預設模式網路的最有效方法，同樣是薩提冥想。
由於冥想基本上包含了自我參照過程訓練的元素，所以只要持之以恆且有系統地練習冥想，不僅可以強化以mPFC為中心的神經網路，還可以提高認知能力。從各種與冥想相關的研究來看，薩提冥想除了可以增進身心健康，也有助於提升認知能力。薩提冥想可以活化mPFC，穩定杏仁核，還能改善與情緒調節相關的前額葉皮質功能，確實具備所有我們想要的心理肌力訓練元素。冥想能有這樣的效果，主要還是藉由活化與自我參照過程相關的內側前額葉皮質（mPFC）-後扣帶迴皮質（PCC）-楔前葉（Precuneus）的神經網路才得以實現。
根據統合分析766件有關冥想效果研究的結果顯示，MBCT（Mindfulness-Based Cognitive Treatment，正念認知療法）不僅對治療慢性憂鬱症患者效果顯著，而且在調查60週後是否復發時發現效果依然存在。67
不只是對患者，在一項針對一般人的研究中也顯示出，冥想訓練對一般人也具有卓越的功效。一項以一般人為對象，進行為期八週（共42小時）的正念冥想訓練實驗結果顯示，接受冥想和情緒調節訓練的人習慣性反覆出現負面想法的情況顯著減少，憂鬱和焦慮的傾向也大幅降低。而且，在認知他人情緒能力和保護自己情緒不受負面事件影響的能力方面，也有所提升。此外，即使在停止訓練過了五個月之後，重新檢驗受試者的情況時，冥想訓練的效果也幾乎保持原狀。
有系統地反覆練習冥想，不僅可以改變大腦的運作方式，甚至可以改變大腦的結構。美國加州大學洛杉磯分校（UCLA）一個研究小組為了了解冥想對大腦的效果，對22名長期練習冥想的人和22名從來沒有接觸過冥想的人，用高解像度MRI（磁振造影）拍攝他們的大腦結構進行比較。冥想組的平均冥想資歷為24年，冥想時間從每天10到90分鐘不等。分析結果顯示，長期練習冥想的人大腦中有好幾個部位比沒練過冥想的人更大，因此確定他們的大腦功能發揮得更好。尤其是前額葉皮質、負責記憶的右側海馬、負責調節情緒的OFC（眼窩額葉皮質）等部位的體積，比沒練習過冥想的人更為發達。
許多觀察冥想效果的研究都像這樣，將長期練習冥想的人與沒練過冥想的人進行比較。但這種方式的研究存在自我選擇偏誤（self-selection bias）的缺點，也就是說，長期練習冥想的人比沒練習過冥想的人可能從一開始就存在一些不同之處，但這種差異卻無法得到證實。換句話說，很難驗證他們之間原本就有哪裡不一樣，還是因為練習冥想才產生的差別。因此，如果想更準確地掌握冥想的效果，就應該採取縱向研究或實驗研究，來分析同一名受試者隨著時間所產生的變化。也就是在冥想練習開始前先測量一次受試者的狀態，然後在冥想練習結束後再測量一次，以驗證其變化的程度。
根據這項實驗研究結果發現，經過八週的正念冥想訓練後，受試者的右側杏仁核灰質體積明顯縮小。只是短短的兩個月時間，就使大腦不僅發生了功能性連結的變化，還發生了結構性連結的變化。換句話說，當大腦的某個部位被活化時，也會連帶造成某些部位跟著一起活化的功能性連結，有了改變。不僅如此，實驗也證明了只要短短兩個月的冥想訓練，甚至可以改變大腦的結構。
也有研究發現，接受正念冥想訓練八週的人，他們的杏仁核活化會受到抑制。尤其是在冥想訓練結束之後，接受過冥想訓練的人即使在一般的情況下看到負面影像，他們的杏仁核也不會那麼容易被活化，還是維持穩定的狀態，這可以視為大腦功能的變化已經固定下來。
大多數驗證冥想訓練效果的腦科學研究採用八週作為訓練週期的理由，是因為研究人員認為只有持續訓練至少八週，神經可塑性才會有所改變。換句話說，訓練的效果至少需要八週才能透過神經可塑性為大腦帶來功能性或結構性的變化。在腦科學領域主導有關冥想效果研究的理查．戴維森也發現，讓受試者每天練習一小時冥想，連續八週後，大腦的運作方式有了改變，免疫力也有了改善，總體來說，身心都變得更加快樂和健康。
關於冥想的效果，如果我們只聚焦於大腦的功能變化，而不是結構變化，那麼即使在比八週還要短的時間內也可以確認其效果。一個只進行五天、每天20分鐘薩提冥想的小組，與一個同樣時間只進行單純放鬆訓練的小組相比，前者的皮膚電活動（EDA）變低、腹式呼吸變深、胸式呼吸速度變緩、心律變異度（HRV）頻率變高。整體來說，副交感神經系統變得更活躍，前扣帶迴皮質（ACC）等調節情緒的大腦部位也更活化。換言之，可能誘發負面情緒的身體條件得到了顯著的緩解。
當然，神經可塑性不是只表現在好的方向。當我們的大腦長期暴露在惡劣條件或不健康的情況時，其結構性連結和功能性連結就會往負面方向改變。簡單地說，壞習慣會被安置在大腦中就此固定下來。例如有研究顯示，當一個人持續暴露在高壓環境時，他的大腦中杏仁核的體積會變大，而前額葉皮質和海馬體的體積會縮小。在針對從小因為受虐而暴露在嚴重壓力環境中成長的青少年，觀察他們的大腦後發現，與正面情緒相關的眼窩額葉皮質部位有明顯縮小的情況。68